蜂蜜发酵了就不要吃了，发酵之后的蜂蜜自身营养剩余不多，不食用为好，防止引起腹泻呕吐中毒等，如果室内温度过高，建议调蜂蜜放在冰箱内储存。而且储存的时间不要太长。
可以吃，蜂蜜含糖量高，浓稠，温度或者湿度的变化会使糖晶体从其中析出，蜂蜜结晶是一种物理变化，并非化学变化，因此，对其营养成分和应用价值毫无影响，也不影响食用。
如果是轻微的发酵，也可以采用灭菌的方法杀死酵母菌，蜂蜜可以继续食用。如果发酵严重的蜂蜜，可以直接扔掉。蜂蜜发酵是由于蜂蜜含水量过高，从而使蜂蜜中的酵母菌生长繁殖，引起蜂蜜发酵。在发酵过程中，酵母菌使蜂蜜中的葡萄糖和果糖分解，产生乙醇和二氧化碳，而乙醇在好氧细菌的作用下转化为酸，从而使蜂蜜变稀、变酸，体积膨胀。
发酵了的蜂蜜还能喝，但是口感会变酸，蜂蜜是一种不容易变质的食物，由于蜂蜜中水分较少为20%左右，而且含糖量很高为80%，形成了一种专业术语叫做高渗透压的环境，微生物无法繁殖，而且蜂蜜中含有大量活性酶，具有很强的抑菌，杀菌功能。因此蜂蜜确实有很强的抗菌能力，且无需添加防腐剂。
蜂蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，在贮存过程中容易出现结晶，是正常现象。蜂蜜放久可能会出现变质，可以从以下几个方面观察蜂蜜是否变质：1、看外观是否发生改变，比如出现气泡等；2、闻气味，比如有酸味等；3、尝味道，口感上是否跟之前有差异。若蜂蜜出现气泡、发酸、变味，说明蜂蜜已经受到微生物污染出现变质，应该丢弃。