目前无文献报道磁共振可对人体产生明显危害或伤残。因磁共振具有一定热效应，可产生部分热能，使人体稍感不舒服。磁共振仪器较长，其大而圆的通道可使患者感觉心理恐慌。若患者体内存在内置物如血管架、心脏起搏器等进行检查，造成危害较大，甚至造成生命危险。
核磁共振检查是脊柱系统疾病的一种非常常见的辅助检查方式，由于对软组织以及骨骼系统均有良好的成像效果，所以，主要用于检查脊柱脊髓神经以及周围软组织的病变。磁共振对于脊柱系统疾病的检查范围非常广泛，胸椎磁共振检查主要用于胸椎结核，胸椎的骨折脱位，胸椎段脊髓神经的病变以及损伤，胸椎及胸椎周围的良恶性肿瘤、转移瘤以及胸椎周围软组织、韧带的急慢性损伤等。
头颅磁共振可以检查脑血管病、脑炎、脑肿瘤、脑外伤、脱髓鞘疾病、神经系统变性病等。头颅磁共振可以做血管成像，主要可用于颅内血管狭窄或闭塞、颅内动脉瘤、脑血管畸形的诊断。磁共振能显示人体任意断面的解剖结构，可以提供冠状位、矢状位和横位三维图像，清楚显示脑干小脑等后颅窝病变。
核磁共振可以帮助诊断是否患有颈椎病，颈椎病通常会引起病人颈椎部位僵硬，还会导致活动受到限制，颈椎病会压迫病人的神经，因此会有头晕和头痛的情况，还会导致局部血液循环不通畅，经常按摩颈部促进血液循环。
肝脏磁共振检查通常是用于肝脏内的肿块性质不明确时进行的，临床上对于肝脏内常规检查是做B超来检查的，但B超检查发现的肿块又性质不明确的，需进行磁共振检查并进行增强扫描，大致方法是通过磁共振检查后注射显影剂，观察肿块对显影剂的吸收和显影程度来判断性质。磁共振检查时不要戴金属，不要活动。
