肛瘘手术之后，大多半个月左右就不太疼了，这个时候基本上感觉不到明显的疼痛、不影响生活。因为半个月左右的时间会长出新的肉芽，把原来创面暴露的神经给覆盖上，这样不容易受到刺激，感觉不到明显的疼痛。在这半个月之内，疼痛也是逐渐的消失的。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
一般手术14天后就不会有疼痛了，因为每个人的痛阈值不同，所以自觉疼痛的程度和时间也不尽相同，如果疼痛明显，伴有肛周出血等，可能存在手术并发症，及时复诊，如果只是疼痛难忍，可以适当的服用少量的止痛药。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘手术后换药可能出现不同程度疼痛，病情比较简单的肛瘘手术，伤口创面相对比较小，疼痛症状也轻，可以耐受，病情比较严重的肛瘘，可能有多个伤口和创面，换药时疼痛相对明显一些。
