两侧肩膀疼痛的主要原因有：
1、由于长时间的高强度工作，引起两侧肩关节的肌腱、韧带、肌肉的相应损伤和疲劳，由于代谢产物的累积刺激和炎症反应，会出现疼痛。
2、肩关节的疼痛是因为骨质的退变、增生，从而引起肩关节周围的骨质增生、退变，关节间隙变窄，关节软骨退变，从而引起关节的疼痛。
建议患者到骨科就诊，进行完善的检查，针对性治疗。
肩膀两侧酸痛一般是长时间姿势不正，过度劳累，受凉引起的，不好的生活作息也会导致颈椎病，肩周炎的发生。适时的更换姿势，可以用推拿理疗按摩的方式，促进局部的血液循环，减轻疼痛。
肩膀两侧酸痛有以下疾病。首先是风湿，如果酸痛伴有关节的疼痛，僵硬，应该是由风湿所引起，抽空到相关部门进行风湿因子，免疫球蛋白等相关检查，明确疾病的诊断以后，对症治疗。然后是劳累过度，如果劳累过度，肩膀肌肉长时间处于紧张的状态，就会出现疼痛，应该注意休息。
通常情况下，肩膀酸痛可能是肩周炎、颈椎病等原因导致的。具体情况分析如下：
1.肩周炎：肩周炎是以肩关节主动活动和被动活动均受限为特征的一种疾病，主要症状为肩部疼痛、肩关节活动受限等，因此肩膀酸痛可可能是肩周炎导致的。
2.颈椎病：颈椎病是一种以退行性病理改变为基础的疾病，一般会出现头颈部痛、恶心、呕吐、眩晕等症状，因此肩膀酸痛可能是颈椎病导致的。
肩部疼痛是颈椎局部肌肉劳损的一种表现。
如果长期伏案工作，低头玩手机，导致肌肉痉挛，关节病变，主要是因为神经和血管受到挤压导致的疼痛。可以通过中医进行调理，还可以配合一些保守疗法，比如按摩、热敷、针灸、理疗等，还可以口服一些镇痛的药物。日常生活中尽量不要进行剧烈的运动，要逐步加大锻炼的力度，多做一些颈椎保健操，平时要尽量避免受到寒冷的刺激。
肩关节总是酸痛不舒服。可能是长期上肢体力劳动，肌肉拉伤，韧带等慢性劳损，也可能是痛风，风湿或者局部肿瘤等问题。
患者可以进行局部的热敷和推拿，也可以用氟比洛芬巴布膏等药物进行调理。短时间内尽量少做大强度的活动和体力工作。三五日内好转，应该不会有太大的问题。如仍有疼痛和不舒服，应做好肩部X片检查，检查是否有骨骼的异常情况。需要做MRI，可以观察到韧带等软组织的状况。