先天性的原因：如怀孕期第4～7周时胎儿的脊柱正在发育形成，此时胎儿的体内外环境发生紊乱，如母亲感冒、精神刺激或创伤等，即可导致脊柱发育畸形，所以应注意孕期保健。
除基因异常外，考虑与生后姿势和动作有关。部分小婴儿总朝单一方向平卧而不翻身，使未发育成熟的软颅骨和骨盆受引力影响而发生变形，同时胸廓受压影响脊柱，可能是特发性脊柱侧凸的诱因。
脊柱畸形的病因有很多，有些病因是明确的，比如先天性的脊柱侧弯，是在母亲的怀孕期间椎体发育不完全，出现半椎体，或者是椎体分解不全造成的畸形，后天性的脊柱畸形最大的一部分是特发性脊柱畸形，这一部分的病因是不明确的。
后天的原因主要和孩子的生活、学习习惯有关系。创伤、烧伤等导致一侧脊柱挛缩形成畸形。脊柱侧弯会导致孩子出现高低肩、长不高的情况，影响美观。后凸脊柱畸形是引起截瘫的常见原因。
产生原因大多数见于先天性发育畸形，比如某一个或两个或几个椎体发育异常。出现半椎体畸形，或者是椎体分节不全。先天性发育畸形，有的甚至在出生之前做彩超就能看到。
导致胎儿脊柱畸形的原因有很多的，主要有以下这些方面：孕期滥用药物；孕期感染病毒；孕期间性生活无度；孕期过度疲劳或大喜大悲；孕期间大量吸烟、酗酒；娠期接触有害、有毒物质；孕期玩猫、狗等宠物等。