高位肛瘘病人可以采取肛瘘切除手术。处理原发内口，剔除瘘管，清除坏死组织，制作有利于引流的创面就可以了。高位瘘管应该挂线，挂线又分为实线和虚线，这样才能达到根治的目的。
鉴别高位肛瘘和低位肛瘘要看肛瘘的位置偏高或偏低，高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。高位肛瘘一般比较复杂，通常可能有2-3个甚至更多的外口。低位肛瘘通常只有1个外口。
高位肛瘘是否挂线，可选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，在手术后还未恢复愈合，建议到医院复诊检查，进行换药治疗，了解手术创面愈合情况，保持大便通畅，忌酒辛辣食物，注意肛周清洁卫生。
不做手术高位肛瘘只能缓解，还是通过手术来进行，可以达到效果。目前先可以进行坐浴，只是可以缓解症状。同时要注意肛门周围的清洁干燥和卫生。或者是去医院的肛肠外科根据医嘱来。
肛门直肠瘘主要侵入肛管，很少累及直肠，是一条与会阴区皮肤相连的肉芽肿管。内孔主要位于牙线附近，外孔位于肛门和皮肤周围。整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内有一层肉芽组织，长期不能愈合。痔疮的发病率仅次于痔疮，主要是年轻男性，这可能与男性性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。