一旦脓肿形成，需要进行手术治疗。最常见的手术方式就是切开引流手术，在穿刺抽到脓液后切开皮肤至脓腔内，彻底引流脓液，填塞凡士林纱布压迫，之后定期进行换药。有医生在手术当中，为了避免继发性的肛瘘形成，减少病人的二次手术痛苦，还会进一步寻找内口，一并进行处理，比如进行挂线手术，这样可以取得更完美的治疗效果。
肛周脓肿一定要手行手术治疗。手术的方式是脓肿切开引流术，它也是治疗肛周脓肿的主要方法，手术方式因为肛周脓肿的位置不一样，而有所不一样。肛周脓肿如果比较表浅，在局麻下进行就可以。
可能是肛周脓肿，是脓液分泌物渗出，堵塞等因素引起的症状。可以做切开引流出脓肿的积液，配合中药熏洗疗法，热水坐浴等物理疗法进行治疗。平时不宜吃过度辛辣刺激食物的。
肛周脓肿的还需要使用抗生素来进行治疗。要注意肛周的卫生情况，不要用力的排便，保持大便通畅，便后可以使用温水溶液。不要吃辛辣刺激的食物，还要注意不饮酒。肛周脓肿一旦形成建议及时的进行手术切开引流，不然容易引起肛瘘等其肛周疾病。
肛周脓肿绝大多数都会形成肛瘘。因为这两个疾病是同一个诱因。肛周脓肿的发作主要就是肛腺的感染引起局部的肿痛等肿痛破溃以后，症状就会减轻，但是肛腺感染的诱因没有得到控制或者消除，肛周脓肿破溃之后，三个月都会形成肛瘘，所以建议病人出现肛周脓肿要早期治疗。
每个人的病情和个人体质不一样，不好估计会不会一定复发，如果复发，做切开引流手术。适当加强抗感染，如果保守治疗后不处理好以后是有可能复发的。不复发的可能性非常小，大部分会复发。