核磁共振检查肛瘘是了解报告单当中，对于病变大小，位置，病变内部以及病变周边的具体的描述情况，是否有异常的信用改变。以及对于病变四周的血管的描述，是否出现血管的丰富改变。
磁共振能够看出瘘管走形，指诊不如磁共振准确，或者术中探查具体瘘管情况，保守治疗效果不明显，及早手术治疗，禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅及肛周清洁，便后可用淡盐水清洗肛周，避免久坐久蹲，术后定期消毒换药。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。