肠套叠发生之后，通过非手术治疗或者手术治疗通常能够得到满意的效果，但是部分患儿仍然存在着复发的可能性。肠套叠的非手术治疗，早期可以使用空气及钡剂灌肠，使套叠的肠管复位，如果发病超过48小时，或者怀疑有肠坏死穿孔以及一般比较差的患儿，或者灌肠没有效果，应该进行手术治疗，手术当中应该详细探查套叠肠管的活力，如果发生肠管坏死，需要采取肠切除吻合。
有些孩子在肠套叠后，经过保守的整复，可以避免复发，但也有少数的孩子会复发。
肠套叠后局部的肠管壁水肿，引起复套，这是一种常见的病因，尤其是在肠套叠后，穿孔后，局部水肿，造成肠套叠前度。肠套叠经过保守整复后，胃肠功能失调而引起的复套。器质性的原因导致的肠套叠，引起腹部疼痛，必须通过手术来根治。如果单纯的进行保守的观察，是无法根治的，最常见的就是器质性疾病。
正常会随着孩子的年龄增加，症状会逐渐得到有效缓解，但如果反复发生，甚至是无法出现复位时，还需要尽早选择合适的手术方案，不能排除先天局部畸形，具体还需要结合临床，可以到正规的医院进行就诊，进行治疗。
如果经常有腹泻，肠管痉挛剧烈蠕动，上段肠管蠕动的较快，下段肠管蠕动的慢，上段肠管就会套入下段肠管，形成肠梗阻，可以用气钡灌肠复位，或者是B超监测下生理盐水灌肠复位。
肠套叠就是将一段肠管套在与身体相通的肠腔中，造成肠内容物透过受阻。
临床上主要分为继发性和原发性两种类型。原发性肠套叠好发于婴幼儿，大多是由于肠蠕动的正常韵律出现障碍而引起。继发性肠套叠则与某些疾病有关，如急性胰腺炎、慢性胆囊炎等均可引起肠套叠。儿童上呼吸道或胃肠道感染等，并发肠系膜淋巴结肿大，可影响肠管正常蠕动，引起肠套叠。