由于肛周脓肿引起的脓肿自行破溃，形成肛瘘，肛瘘一般药物效果不是很好，可以手术治疗。肛瘘会引起肛门疼痛，便血，流脓等症状。去医院做手术治疗，每天要用清水清洗肛门。
典型的肛瘘就是一根通畅完整的管道，一头在肛窦(内口)，一头在肛缘外或在直肠壁上(外口)。不典型了肛瘘就是一般只有内口，而没有外口。这种疾病最主要的症状表现就是溃脓血，肛周肿痛，瘙痒等。
肛瘘严重感染发炎后，肛门疼痛剧烈，脓液在爆裂后污染内衣，脓液刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。随着时间的推移，它会使身体虚弱消瘦，精神压抑，抵抗疾病的能力下降，而且攻击的频率越高，形成相互的因果关系。
主要是肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物、瘘管通畅无炎症时感觉不到疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅时，可引起疼痛，瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，有时形成湿疹。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。