肛瘘手术的难易程度取决于肛瘘的复杂程度。低位、单纯性的肛瘘手术简单，术后病人恢复快、治疗效果好，而高位、复杂性的肛瘘，手术时存在治疗的策略性与保护肛门功能齐全性的矛盾，所以肛瘘手术的治疗效果要根据它的严重程度来定。
肛瘘是小手术，术后伤患应注意随时监测体温，保持肛门清洁，避免感染，结合大夫指示给予肛门栓剂，或每日用药物清洗肛门。术后第一次排便时，病员会感到疼痛和不可忍受，这是正常现象。如果便便拉不出，可以使用一些肛门润滑剂。
肛瘘的手术是小手术。需要把脓腔打开，脓液引流尽就可以了。需要尽量防止损伤肛管括约肌，避免大便失禁的情况出现。需要继续的换药治疗，同时一定要注意自己的饮食，避免辛辣的食物，保持大便通畅。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。