手术之后可以适当的使用抗生素药物，可以使用抗生素药物的时间是三天到五天，主要还是得通过换药的方法进行治疗，可以使用中药进行熏洗坐浴，注意保持局部的清洁，一定要保持创面的引流通畅，同时要注意保持大便的通畅，避免大便干燥。应该合理的补养身体，注意饮食清淡一些不要有刺激性。合理睡眠不要长期坐着。
吃三到五天，起到一个预防感染的作用，平时注意做好清洁护理。术后至少坐浴一个月，一定要采用坐姿坐浴，千万不能用普通的盆放在地上蹲在里面坐浴，否则伤口可能撕裂。手术后坐下的时候一定要架空肛门部位，避免压迫造成的疼痛和水肿。肛肠康复包里面有可以放在马桶上坐浴的肛部水疗器，以及可以架空肛门的无痛透气垫。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。
多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。