肛周脓肿，大多数的病人在肛门附近可以触摸到肿块，肿块多有红肿热痛的表现，说明已经充满脓液。出现波动感说明需要及时手术，一般要在腰硬联合麻醉下，切开引流手术，把脓液放出清理脓腔，术后坚持温水坐浴，保持清洁。
处理脓肿的同时发现感染的内口，并将其一同处理。若脓肿较浅，可直接将感染灶打开，再换药使其愈合。也可通过挂实线或浮线的方法将内口处理，挂实线即橡皮筋等有张力的物质可对伤口进行慢性切割，一周左右后将其打开再换药；挂浮线即将舒适的物质挂于伤口处起引流作用，半年后伤口愈合较好可将线拆除。
处理脓肿的同时发现感染的内口，并将其一同处理。若脓肿较浅，可直接将感染灶打开，再换药使其愈合。也可通过挂实线或浮线的方法将内口处理，挂实线即橡皮筋等有张力的物质可对伤口进行慢性切割，一周左右后将其打开再换药；挂浮线即将舒适的物质挂于伤口处起引流作用，半年后伤口愈合较好可将线拆除。
肛周脓肿需要进行切开引流治疗，手术只是第一步，术后的处理是很重要的，否则容易出现伏旱。手术以后，首先要注意按时换药，消毒一般隔一天换一次药，换药的时候需要应用双氧水碘伏冲洗，清除脓液，另外需要用油纱填塞脓肿腔，避免皮肤伤口先愈合，否则会导致复发，这样逐渐从脓肿腔的底部长平了就能治疗，另外在这期间要避免吃辛辣刺激性食物，避免饮酒和吸烟，不要长时间久坐，保持局部的干燥。
根据肛周脓肿的情况会采取不同的手术方法，主要有三种。切开引流术适合大部分肛周脓肿患者。内口切开术一般适用于低位肛周脓肿。切开挂线术，适用于坐骨直肠间隙脓肿、前位脓肿及骨盆直肠间隙脓肿等。肛周脓肿的患者要越早治疗越好。
肛周脓肿形成后需切开引流，引流后可能会形成肛瘘，最后还需肛瘘挂线手术去治疗。部分做了手术后，自觉肛门肿胀水肿。如果只是感到肿胀，那是由于创面较大，周围组织有炎性渗出水肿，所以感到肛门肿胀，这是手术后的正常反应，5天以后组织渗出水肿就会逐渐消散，肿胀感也就消失了。