一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
一般情况下，做胃镜会比较痛苦一些，具体内容如下：
如果患者需要明确消化道的状况，可以选择进行胃镜、肠镜等检查，从而对消化道直接进行观察。其中，由于胃镜是经咽喉进入患者体内的，其不适程度可能会较高。因此，做胃镜会比较痛苦一些。如果患者需要做胃镜，咽喉可能会受到刺激，出现恶心、呕吐等不适症状。在做肠镜时，导管通过肛门直肠进入患者体内，患者可能会有牵拉痛，但这种疼痛症状通常是可以忍受的。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦.一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟.另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况.而胃镜在检查过程中，一般经过舌根至咽喉部会出现较为明显的恶心症。
相比来说胃镜比喉镜痛苦一些。
胃镜下的管子很粗，需要从咽喉、食道进入胃腔，这段时间由于与食道的摩擦，会对食道和胃粘膜产生损害，在进行胃镜后会出现胃部不适。喉镜的导管很薄，从鼻子到喉咙，病人会有呕吐的症状。所以相比来说胃镜比喉镜痛苦一些。如果患者的抵抗性较差，可以选择无痛胃镜，可以在一定程度上改善患者的不适症状。
做肠镜还是有痛苦的，一般人是可以耐受的，但是还要因人而异。因为有些人乙状结肠比较长，乙状结肠是腹腔内位器官，是游离的，所以当肠镜往前插入通过这段肠管的时候，肠管来回活动就会通过比较困难，肠镜反复伸拉可能就会导致非常痛苦。