肛瘘一般需要手术治疗，而且越早越好。不手术治疗肛瘘一般需要手术治疗。效果不稳定，如过食辛辣厚味，或受凉拉肚子，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口较坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。
肛瘘可以治好，可以引起神经精神方面的症状。肛瘘最终的治疗方法是手术治疗，是可以治疗的。单纯性肛瘘可以行肛瘘切除术，如果肛瘘通过肛门括约肌，必须做挂线手术。同时，在生活上面注意饮食清淡一些，多注意休息，不要过度的劳累。
肛瘘手术一般愈合周期需要一个月，一周左右就可以正常工作，需要每天大便后温开水坐浴，保持伤口清洁，每天换药一次就可以了。忌辛辣，忌酒，保持心平气和，要生活规律，清淡饮食，多吃蔬菜和水果。
肛瘘最主要的治疗办法是进行手术，由于属于一种慢性感染性疾病，治疗周期比较长，很容易出现复发，通常是由于急性肛周脓肿，没有得到及时或者有效的治疗转变而来的，也有一些是患有肠道的慢性炎症性疾病，出现了肛周的反复的瘘口，手术以后，换药也非常关键，注意局部卫生，坚持坐浴。
存在肛瘘这种疾病，尽快的早期手术。肛瘘可以大致分为两种，一种是低位的简单肛瘘，这种肛瘘可以通过手术直接把瘘道切开，然后处理内口，伤口愈合彻底，这种病就可以彻底的治疗好。