预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘术后容易复发是因为，术时瘘管闭合，无法分辨瘘管与瘢痕，导致复发。或者由于抵抗力下降而感染形成脓包，导致破溃、流脓形成瘘管，然后又导致肛瘘复发。平时要注意饮食的调养，不能肆意妄为，否则长期饮酒、喜食辛辣刺激食物，可能再次导致肛周脓肿的形成，并形成肛瘘。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘手术后复发的原因：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
