肛瘘术后容易复发是因为，术时瘘管闭合，无法分辨瘘管与瘢痕，导致复发。或者由于抵抗力下降而感染形成脓包，导致破溃、流脓形成瘘管，然后又导致肛瘘复发。平时要注意饮食的调养，不能肆意妄为，否则长期饮酒、喜食辛辣刺激食物，可能再次导致肛周脓肿的形成，并形成肛瘘。
可能是解剖因素。肛门括约肌纵横交错，肌肉的舒张、收缩可影响管腔的塌陷闭合。或是引流不畅，脓液排除后肛门皮肤外口可能暂时闭合，管道及脓腔内的分泌物排出受阻，使管道不能自行愈合。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
导致病症复发首先是由于在进行手术的时候，病症处理不当，医生并没有准确的将感染的原发灶即内口彻底清除。此外，病人如果对肛门腺处理不当，这些因素都可以导致肛瘘疾病在手术后病症复发。如果病人在手术后没有养成良好的生活习惯，那么都还会导致肝门腺再一次出现感染，从而导致新的肛瘘，而被误认为是复发，所以病人在手术后的清洁卫生是极为重要的，以免导致病症发作。
肛瘘是需要去肛肠科检查的。肛周脓肿流脓拖成肛瘘，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。为了预防感染，应经常清洗、勤换内裤。增强体质。