术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘术后护理，首先要清淡饮食，吃一些流质食物，易消化，应食含纤维素丰富的食物，如青菜、竹笋等。少食鱼、虾、蟹等发物及油煎熏烤的食物。必须休息，避免过劳，休息对减轻术后出血及肛门局部症状十分重要。同时注意肛门部的清洁卫生，坚持便后坐浴。还要保持肛门周围清洁，术后创口应严格按照外科护理常规每天换药。
情绪方面，需要避免招惹病人，让病人心情舒畅，避免病人情绪波动：饮食方面，让病人多喝开水，多吃花生，红薯等食物，不要让病人喝酒，不要让病人吃辛辣刺激食物；生活方面，让病人养成每天大便的习惯，避免大便干结，保持肛周清洁等。
一般肛瘘的手术后是要精心护理的，第一是为了病情能够得到尽快的恢复，第二是为了预防病情反复，平时要注意要遵医嘱用药，每天要给伤口做好清洁，定时换药，饮食上尽量以清代银饮食为主，不要吃辛辣刺激的食物，尽量卧床修养。
肛瘘术后可能发生尿潴留，要锻炼排尿功能。手术后要每天换药，按时拆线，保持伤口清洁，避免伤口周围积脓影响恢复，导致伤口感染，不能愈合。尽量每天清洗肛门，更换内裤。手术之后要少活动，多休息。