肛周脓肿是由细菌感染引起的。如果溃疡和溃烂，必须通过手术进行清创、排脓和彻底消毒。然后，伤口应涂上促进恢复的药物，全身应使用抗菌和抗炎药物进行治疗，以彻底杀死细菌并促进愈合。
常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌，常是多种病菌混合感染，近也有发现与肛线的损伤有关。肛门周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
需要及时去医院进行排脓以后才能进行局部碘伏消毒，然后再口服抗生素进行消炎治疗，内裤要宽松，纯棉透气，饮食方面清淡一些，避免各种刺激性的食物的摄入，不要经常坐着。
