使用外用药往往效果不大，要早期的进行手术治疗，一般出现化脓性感染，可以手术切开引流，形成肛瘘以后可以进行挂线治疗。如果有肛瘘容易引起这种肛周脓肿或者是包块，需要及时的进行手术治疗，单纯的通过药物是无法治疗的。
病人应先吃营养丰富的液体食物，然后依照伤口和大便状况，吃易消化、无刺激性的半流或一般食物。有些病人几天不吃东西，因为他们怕大便时伤口疼痛，导致低血糖反应。要了解病人的心情，说明进食的重要性，鼓励病人进食，以利于伤口的恢复。
定时排便：要养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。要保持肛门清洁：养成便后洗净局部或每日早晚清洗肛门的习惯，保持肛门清洁。不吃上火刺激的食物来进行预防。
多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。
对于肛瘘的饮食应该清淡。如果是慢性的并且较为复杂的肛瘘的应该多吃既容易消化的而且又有营养的食物。尤其得多吃一些含蛋白质丰富的食物。比如鸡、鸭、牛肉、鸡蛋、豆浆、动物的肝脏等。对于肛瘘的还应该在日常生活中多喝水，还应该多吃一些新鲜的水果和蔬菜，主要是以性味清凉为主。比如吃一些生梨、甘蔗、香蕉、荸荠等。