肛瘘主要是由于肛周脓肿的演变，肛门周围形成鼻窦。手术会导致肛门失禁，治疗复杂性肛瘘中没有肛门失禁。肛瘘未解决，导致肛门周围反复脓液，带来极大的精神痛苦。肛瘘的形成主要是由细菌通过肛门凹陷侵入肛周空间引起。
如果患有肛瘘，就需要进行手术治疗，如果不做手术，肛瘘会反复发作，容易影响肛门括约肌，导致括约肌纤维化，影响肛门功能，而且据临床报道，肛瘘有一定的几率会发生癌变。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘是常见的肛门直肠周围感染性疾病，绝大多数肛瘘需要进行手术治疗。如果肛瘘不进行手术治疗，自行痊愈的可能性非常小。因此，不经过手术治疗的肛瘘，症状往往持续存在，反复发作，不断通过外口排脓、渗液，给生活造成很大的不便。同时，部分肛瘘外口可以发生假性愈合的情况，导致肛瘘的内容物不能及时排出，存在继发肛周脓肿的风险。
肛瘘不做手术会有流脓和流水的现象，可能会发生反复的感染或者出现疼痛等局部症状。肛瘘是一种慢性炎症性疾病，如果长期得不到医治，在慢性炎症的不断刺激，会出现恶变倾向。
肛瘘不做手术很难自行愈合，保守治疗往往不能凑效。如果害怕做大的手术，可以给予挂线疗法。如果肛瘘长期得不到去根的治疗，慢性炎症的不断刺激，具有一定的恶变倾向。临床很多老年性肛门癌有肛瘘病史，常见有鳞癌和粘液腺癌，恶性程度均较高。