肛周脓肿手术的步骤，第一步是摆体位，根据病人肛周脓肿的具体位置，比如左侧或右侧，选择合适的卧位，方便手术操作。第二步是麻醉，肛周脓肿下可以在局麻下完成，做好充分的麻醉，可以使手术时，病人不感觉到疼痛。第三是消毒，采用碘伏消毒液，清洗肛门周围、会阴部及直肠黏膜。第四步是手术，切开脓肿表面波动感最强的部位，清除脓腔坏死物，做好充分引流，完成手术。
先对肛周脓肿进行引流，需要寻找肛周脓肿的内口，连同内口一起解决，这样可以达到肛周脓肿的治疗，为了更加准确、更加清楚，通常会分两次进行手术，如果患有肛周脓肿，一定要及时去专业医院就诊。
肛周脓肿治疗手术，通场是不会形成肛瘘，病人应创面慢慢恢复。应该注意清淡饮食，禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅及肛周清洁，便后可用花椒水清洗肛周，避免久蹲，定期换药。
在肛周脓肿做一次性治疗以后，术后的伤口大概得4-6周的时间进行愈合，有些病人的病情更为复杂的，所以可能时间会更长，比如脓肿深、范围大、高位脓肿、复杂性脓肿等这些疾病的愈合时间就要延长了。
一次切开引流，即肛周脓肿治疗性手术，跟发病的原因密切相关。肛周脓肿是因为肛腺感染，细菌进入腺管，向肛门直肠周围疏松组织扩散，引起肛周感染性包块，这时一旦脓液形成要做切开引流。如果在做切开引流的过程中，发现感染来源，是在某个肛窦位置的来源，进行一并处理，称为一次性治疗。
肛周脓肿治疗后有的还会发复，如果反复复发，不排除有肛瘘的可能。有的是这处肛周脓肿愈合，而其他部位再发的可能，这都是有可能的。手术后要做好护理，平时避免辛辣食物，避免久坐，避免便秘。注意肛门清洁。应用消炎洗剂清洗后，定期对医院肛肠手术进行消毒伤口，减少肛瘘的发生。