肛瘘手术只是切开瘘管，也就是肛瘘外口和感染的肛隐窝之间，不会伤到阴囊。一般采取侧卧位或者俯卧位。纯低位的肛瘘，判断它内口与外口以及瘘管整个形态；对于复杂性的或者高位的肛瘘，做影像学检查，直观的观察整个肛瘘的形态以及支管的分支。
如果已经出现肛瘘，那么需要通过手术来治疗了，出现凸起也有可能是痔疮，具体是什么情况需要做个肛检来确定，如果确定肛瘘，瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。
考虑是肛周脓肿切开引流手术后形成的肛瘘，一般切开的伤口是不会恢复的，需要手术处理感染的肛窦，也就是感染的内口需要手术处理。尽早进行肛瘘手术治疗，选择门诊微创治疗。
肛瘘相对来说还是比较好诊断的，主要表现为肛周皮肤上的瘘管外口流出脓性、血性、粘液性分泌物。部分较大的高位肛瘘外口可见粪便及气体排出。由于分泌物的刺激肛门周围可有潮湿、瘙痒、湿疹等。如果外口假性愈合，瘘管中形成脓肿，可有疼痛、发热、寒战等全身表现。
典型的肛瘘包括内口、外口和瘘管。内部开口主要分布在齿状线上。可能有一个内部开口或几个内部开口。对于肛瘘，保守治疗无效。一旦发现，建议尽快操作。肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘。不同类型的操作方法也不同。对于高位肛瘘，一般采用挂线疗法预防术后大便失禁。
