中医认为肛瘘的病因病机大体有三种情况。一是外感风、湿、热、燥、火等六淫邪气，顺胃肠传于下部，使肛门肿满，“结如梅李核”，然后转变为肛瘘。所谓“结如梅李核”，是讲在肛门边缘鼓出如梅核或李核大小的硬结。二是久痔不愈毒气聚结肛边，疮口不合，时流脓血而成瘘。还有是因为吃辛辣食物导致的。
肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
肛瘘这种疾病多继发于肛周脓肿，属于肛周的一种慢性感染性疾病。也有一部分，尤其是中青年人，有克隆氏病或者溃疡性结肠炎，也会表现为肛周多发的瘘口。病人会表现为肛周潮湿，有明显的分泌物，伴有异味，可以发现内衣潮湿。查体局部有瘘口，挤压有脓性分泌物，通常可以进行造影、核磁共振检查明确诊断。
主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛瘘是肛周脓肿，肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成肛瘘，或者是直肠肛门损伤导致的外伤，吞咽骨头金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠细菌侵入伤口引起肛瘘，还有就是肛裂反复感染并发皮下瘘所致。