得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等，及时治疗肛窦炎，肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘，肛门灼热不适，肛门下坠者，要及时查清原因，及时治疗。
肛瘘是常见病，临床可表现为肛旁有一硬结，伴反复脓性分泌物，肛门疼痛等症状，治疗宜行手术治疗。术后坚持每日换药治疗，直至伤口完全愈合。恢复时间要根据伤口的情况而定。忌辛辣，忌酒，保持心平气和。清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘通常需要手术，因为如果不治疗很少会自行愈合。常见的手术方法包括：瘘管切开术包括切开瘘管的整个长度，使其愈合成扁平瘢痕。挂线术：将一条外科线放置在瘘管中并放置数周以帮助它愈合，然后再进行进一步的治疗。其他技术-包括用特殊的胶水填充瘘管，用特殊的材料封堵等，手术后通常需要住院治疗一到两周的时间。