肛周脓肿的治疗方法有两种，那就是药物治疗和手术治疗，但是药物治疗只能缓解症状，手术治疗才能治好肛周脓肿。很多肛周脓肿病人发病后都寄希望于通过药物进行治疗。肛周脓肿药物治疗其实是一种误区，肛周脓肿用什么药都无法治好，只能缓解。很多肛周脓肿病人由于害怕手术的疼痛，往往选择药物保守治疗肛周脓肿，结果却容易越治越重，越治越“漏”，本来只有一个瘘口却变成了两个三个乃至更多的瘘口，得不偿失。
肛周脓肿的治疗可以缓解症状，减轻痛苦，使用抗生素治疗；温水坐浴；局部理疗；非手术治疗并没有处理内口，只是局部脓肿的红肿暂时消退及临床症状的暂时好转，从长远来看，绝大多数一定会复发或发展成为肛瘘。建议手术治疗。非手术治疗不宜单独使用，应当结合手术疗法。
肛周脓肿术后复发是肛瘘形成或者继发脓肿，需要完善相关辅助检查，肛周B超或者肛周核磁共振检查，明确肛瘘或者脓肿的范围，以及内口位置的高低。去专业的正规医院行手术治疗。
如果破溃说明脓肿比较表浅，通常需要进一步行扩创破口，将脓液全部排出，同时采用双氧水冲洗后再以生理盐水冲洗脓腔。肛周脓肿通常继发于肛窦腺感染，感染的肛窦腺也就是肛周脓肿的内口，如果内口开口于齿状线下方，通常可以做一期肛周脓肿治好以避免形成肛瘘，也就是一次手术治好无需采用二期肛瘘挂线手术治疗。如果脓肿内口位置过高超过齿状线通常行单纯引流，一般形成肛瘘3个月后再次行肛瘘挂线治疗。
肛周脓肿引起的原因是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。肛周脓肿可以用抗生素治疗，自己平时用热水坐浴及局部理疗，可以消散，但多数到医院进行手术治疗。
肛周脓肿破了，可以轻轻按摩把脓液挤出，然后拿消毒液仔细消毒，而且每天要进行换药。如果脓肿较深，只是破溃后流出小部分的脓液，仍然有憋胀、疼痛、发烧等症状，需要去医院进行手术处理。