肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。
如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
目前治疗肛瘘性的疾病主要是采取手术的方法进行治疗，但是根据临床方面的统计，病人在接受了肛瘘手术后是很容易复发的，一般凡是经过肛瘘手术治疗的病人96%以上都会出现复发的现象。也就是说肛瘘手术后复发率高达96%甚至以上。
可以到正规医院肛肠外科就诊，做超声波，肛瘘造影等检查，明确情况，病情的具体情况，手术以及挂线等治疗方法进行综合治疗。是否容易复发需看依瘘管的位置确定。一般治疗效果良好。
复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前临床倾向于将瘘管全部切除，用亚甲蓝进行染色，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。临床认为高位复杂性肛瘘是难治性疾病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支，手术过程中要用亚甲蓝进行染色。