以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。口腔小粘液腺囊肿是由于粘液排泄管破裂，粘液外渗入组织间隙所致，或者是由微小肿瘤等造成粘膜腺体排泄管部分堵塞，分泌物储留于腺体内而形成。
颚下腺囊肿是属于良性的病变，通过保守治疗是无法消除的。如果囊肿非常小，对于身体健康并没有什么影响，也不需要做特殊的治疗，平时继续观察就可以。如果囊肿比较大，那可以通过穿刺抽液处理。如果反复出现复发，可以通过手术切除，其没有什么有效的治疗方法。
看囊肿情况有无增大，肝囊肿就是肝脏中的“水泡”，是长在肝内的一种良性疾病之一。其部位、大小和数目不一多见于女性。引起肝囊肿的病因不十分清楚，以先天性的原因为最多，生长极为缓慢，有的还合并肾囊肿。当囊肿数目较多、时间持续太久者，可能有轻度肝功能损害。需要选择手术治疗进行切除或者切开引流，平时也要注意合理饮食。
病人属于胆囊囊肿，属于良性病变。如果胆囊囊肿增大，会影响胆汁代谢，引起胆囊炎和腹胀疼痛，以及梗阻性黄疸、呕吐、发热等症状。可以进行彩色多普勒超声检查。如有症状，可口服促进胆汁分泌和抗炎药物。应该注意休息。刺激性和油腻的食物不允许进入。如有必要，可以考虑手术治疗。
囊肿禁忌辛辣刺激性食物，戒烟戒酒，对于囊肿需要根据不同的发病部位来积极的治疗的，如果大脑囊肿，还是需要积极的手术治疗的，如果肝脏的囊肿一般定期观察，如果是手部的囊肿，一般可以手术切除。
