对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
多囊卵巢综合症常见的症状有月经不调，多毛，肥胖，不孕，检查方面主要是卵巢多囊样改变，有多个不排卵的卵泡。而卵巢囊肿只是卵巢组织的囊肿，卵泡虽然是卵巢的一部分，但是主要不是指卵泡这方面的情况。原因很多，有炎症，有内分泌，有其他方面的原因。需要检查清楚。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
左侧巧克力囊肿的治疗方法为手术，保守治疗的方法多是利用假绝经疗法。妊娠及产后很长一段时间的闭经，对其病灶有很好的治疗作用。如果急着怀孕，可以先试妊娠，能怀孕则可以等生完孩子再考虑手术问题。
