再障一般是由于骨髓造血功能低下引起的，病人会出现出血，贫血，感染的情况。常用的治疗方法有支持治疗和疾病针对性治疗。采用输血的方法或者激素治疗等。可以采用骨髓移植方式治疗，费用比较高，而且骨髓配型也很困难。
ATG不能治各种原因引起的再生障碍性贫血，导致红骨髓总量减少，代之以脂肪骨髓、造血功能衰竭和一组以全血细胞减少为主要特征的综合征。ATG只能改善再生障碍性贫血的状况，但不能治，骨髓移植也可以治。
再障可能会治疗好的。再生障碍性贫血根据分型不同，预后也不同，重型再障的预后稍微差。主要死亡原因是颅内出血和严重感染。但是目前随着治疗方法的改进和提高，重型再障的预后已经明显改善。
中医治疗再生障碍性贫血是在确诊的基础上，按急性再障、慢性再障分型论治。慢性再障者属中医虚劳血虚范畴，从肾论治，辨别阴阳，酌加活血化瘀、疏肝解郁方药，依据中药药理学研究，适当配伍具有刺激造血细胞生长的中药，提高疗效。针对慢性再障证型之演变规律，分初、中、末三阶段论治。急性再障者以“急劳髓枯温热型”论治，着重以凉血解毒法治疗，以取得疗效。
大约有5%-10%的纯红细胞再生障碍性贫血的病人可自发缓解，也就是自愈。如果是由于病毒感染或药物诱发的急性纯红细胞再生障碍性贫血，为自限性疾病，多在短期内恢复。另外，如果是继发于胸腺瘤，淋巴增殖性疾病，以及自身免疫性疾病的继发性纯红细胞再生障碍性贫血，在原发病得到有效控制后，继发性的纯红再障也可以获得缓解。