两者存在实质上的区别。乳腺增生主要是乳腺结构紊乱，乳腺囊肿说明体内肿块呈囊样增生。乳腺囊肿一般会手术切除，而乳腺增生可以保守药物治疗，物理治疗都是可以控制病情的进一步发展。
乳腺囊肿主要发生在35-45岁的中年妇女。绝经后妇女一般不会出现乳腺囊肿。乳腺增生形成的肿块大小不一，有许多细丝出现。乳腺囊肿形成的肿瘤主要利用中心边界圆或清晰，用手可自由推挤。大多数乳腺囊肿不需要手术。乳腺囊肿有囊壁增厚、囊壁植被等表现，可考虑切除。乳腺增生症的是轻度胸痛，可以调节心理，缓解压力，疼痛患者可以中药医治。
乳腺增生主要是因为体内雌激素水平高引起的，典型的症状就是会引起乳房胀痛，乳房囊肿主要是因为乳腺导管扩张引起的。乳房内的小囊肿，不会引起症状。平时精神压力不要过大，多注意休息，不能熬夜，保证睡眠充足，养成一个良好的生活习惯和作息时间。
乳腺囊肿属于乳腺增生的一种类型。是单纯性乳腺增生，也就是说得乳腺小叶增生。是乳腺腺病，是乳腺增生形成的乳腺瘤样病变。平时多喝水，多吃一些水果蔬菜，不要吃油腻辛辣刺激性食物，有利于病情的恢复。
乳腺囊肿和乳腺增生是不一样的，乳腺囊肿主要是组织液渗出以后引起的，小的包裹行性改变，而增生主要就是乳腺导管或者是乳腺腺泡体积变大，然后引起血流群管或者是液体排泄不通畅，这些情况存在会引起刺痛感。
乳腺囊肿，里面是液体，质地韧，有弹性，圆形或椭圆形，乳腺增生是正常的生理过程，周期性乳房疼痛，乳房肿块，少数人有乳头溢液，乳腺增生是良性病变，和体内激素是有关，有周期性的乳房疼痛，乳房有包块儿，没有疼痛的现象。