腘窝囊肿可以选择局部麻醉下穿刺抽液，囊腔内注入激素，促进黏连，或者再次进行手术治疗，仍会有再次出现复发的可能。如果进行了手术治疗，是很容易出现复发的，考虑是囊壁的残留，关节腔持续的分泌润滑液，导致局部的复发。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
慢慢感觉不到疼痛需要5到7天。这与个人的恢复速度有关。一周后，病人应该会初步康复，疼痛程度会大大减轻。完全恢复大约需要一个月。包皮手术后，应同时进行常规消炎治疗和换药。饮食应清淡，避免摄入各种生冷辛辣刺激的食物，避免饮酒和吸烟，减少散步和放松内衣。
腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
卵巢囊肿手术后3个月才会恢复，卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。手术后多食新鲜的水果、蔬菜及各种维生素；勤洗外阴，保持外阴清洁。
