急性咽峡炎是可以为病毒性或者细菌性感染而导致的炎症。而疱疹性咽峡炎，是由于肠道病毒引起的，以急性发热、咽颊部疱疹、溃疡为特征的急性传染性咽峡炎，其有很强的传染性。
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热、咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，具有一定的传染性，主要通过粪口传播，呈散发或流行，夏秋季为高发季节，主要侵犯1～7岁小儿主要表现为发热、咽痛、咽峡部黏膜小疱疹和浅表溃疡。而急性咽峡炎是发生在咽峡部位的急性炎症，是一种特殊类型的咽炎，当然也包括疱疹性咽峡炎。
疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
疱疹性咽峡炎和手足口病具有一定的关联性，因为这两种疾病都是以肠道病毒感染为主的一种传染性疾病，多见于小儿，发病率比较高的都是一些小儿童，它主要表现都是有口腔的疱疹，但是手足口病除了有口腔疱疹，它还容易合并手足或臀部的皮疹，另外两种疾病都有可能会表现有发热，然后拒乳、烦躁不安，或者是流涎，或者是饮食明显的变差的情况。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。
