做任何要侵入的检查都是有一定风险的，因为把支气管镜伸入到体内，是具有一定的危险的。但是支气管镜也还可以做活体检查，所以他的风险相对又会小一些。可以将支气管镜提取的活体细胞，放在显微镜下面观察，就可以检测取得细胞的部位有没有发生病变。
比较以前的支气管镜检查它的痛苦较前是明显减轻的，以前是硬质气管镜，它是一个长长的铁管子从嘴中直接到喉气管里面，现在称之为纤维支气管镜，它的柔韧性比较好；它的粗细度比较细。
中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。
做支气管镜没有危险。支气管镜是一种有创伤性的检查，它的危险性很小，死亡率在万分之一左右，常规的支气管镜诊断和处理是比较安全的。在切除肿瘤、取出支气管异物、肺活检等过程中，病人有发生大咯血、窒息甚至死亡的危险。支气管镜是一种需要医生开出的诊断报告，病人要按照约定的时间来检查。通常情况下，在进行支气管镜检查前至少要空腹6个小时。此外，在进行支气管镜检查之前，还要做心电图、凝血功能、血小板检查等检查。做完支气管镜检查后，要做两个小时的禁食。
任何侵入性的检查都是有风险的，但有时为了明确诊断，进行侵入性的检查是有必要的，支气管镜好处在于它可以活检，取一点气管的细胞出来，在显微镜下看到底有什么病，这样就可以确诊，所以危害不大的。
原因不明的咯血或痰中带血。刺激性咳嗽加重，出现局限性肺气肿、阻塞性肺炎或肺不张。突然出现声音嘶哑。支气管、肺部疾病或弥漫性肺部疾病诊断困难时。肺部支气管肿块，纵隔淋巴结肿大。支气管异物等，都会做支气管镜检查。