临床上以阵发性痉挛性咳嗽、鸡鸣样吸气吼声为特征。病程可长达2～3月，故名百日咳。首先应当辨别是外感咳嗽与内伤咳嗽。外感咳嗽，起病较急，病程较短，治疗以去邪宣肺为主。内伤咳嗽，起病较缓，病程较长，多属本虚标实，治宜健脾、养肺、补肾为主，兼以化痰止咳。
小儿百日咳情况下服用镇咳祛痰的药物来治疗，如果痰液比较粘稠可以选择雾化吸入，如果经过一段时间的治疗症状没有得到缓解，是需要进行检查对症治疗，平时要注意室内空气的流通，给孩子多吃易消化的食物。
成人百日咳可以选择抗生素，以清除鼻咽部的百日咳杆菌。在药物治疗的同时，还应及时进行隔离，以免发生传染。应该多补水，合理喂养，避免受凉，适当的调整衣物，正确的使用电扇空调。
新生儿百日咳可以选择抗生素治疗，早期应用抗生素能够消除细菌，还可以雾化，同时要注意保证休息，避免呕吐，清除咽腔的分泌物如痰液，预防并发症，保持呼吸道的通畅，及时吸痰、吸氧。
控制传染源，进行隔离，对症支持治疗，增加营养，预防受凉。再就是抗感染治疗，选用消炎的药物进行治疗。屋内最好使用加湿器或是在屋内放置几盆清水，增加屋内的湿度，可以缓解上呼吸道不适症状。