继发性肺结核的治疗主要是以化学药物治疗为主，肺结核药物治疗要掌握十字原则，即早期、联合、适量、规律、全程。早期是指肺结核越早治疗效果越好。联合用药是指由于每种结核菌对不同结核药的敏感程度不同，故将三种、四种，甚至五种药物联合应用，能够更有效杀灭结核菌，减少耐药。
继发性肺结核，又称为三型肺结核，主要是浸润型肺结核和纤维化空洞型肺结核，内源性肺结核是继发性肺结核发病的主要原因，继发性肺结核一定要遵循化疗的方案进行治疗，并且需要隔离，传染性是比较大的。
继发性肺结核发生的主要原因有：内源性复发，是继发性肺结核的主要发病原因。在肺内、外因早期菌血症形成潜伏病灶。当机体的抵抗力下降时，可使隐性结核病灶复发而形成继发性肺结核。另外有外源性再感染，曾感染过结核菌，本次发病不是原有病灶的重新活动，而是再次受到结核菌的感染。
继发性肺结核经过积极的治疗，绝大多数患者可以完全治愈。但如果有严重基础病，不按时用药或提前终止疗程，这会导致疗程延长。
如果病人被诊断为活动性肺结核，则需要服用抗结核药物来治疗。常见的抗结核药物有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素等。应用抗结核药物的原则是早期、适量、联合、全程有规律的使用。在应用抗结核药物时，要密切关注其副作用，并有针对性地进行治疗。
继发肺结核的病人通常要在半年至一年之间恢复。继发肺结核后，要在医生的指导下应用抗结核的药物，如利福平、异烟肼等，同时要注意定期定期全程用药。在治疗过程中要定期进行检查，以了解病情的恢复。另外患者还要注意饮食方面的调理，在这个时候要少吃辛辣刺激性的食物，多吃一些富含维生素和蛋白质的食物，多做一些运动。
继发性肺结核复发有可能治好。但病情较重的患者还会继续恶化，甚至有生命危险。继发性肺结核有复发的可能，只要进行正规的抗结核药物治疗，就可以控制住。但也有一些继发性肺结核会因为耐药性细菌的感染而复发。尤其是肺结核一旦痊愈，又在短期内复发，那么这个时候就很有可能发生耐药性结核菌。这种情况下，治疗是非常困难的，甚至会导致呼吸衰竭、咯血等并发症，甚至是致命的。