气管镜在呼吸系统疾病的应用非常广泛，几乎可以用于呼吸系统所有疾病的诊断。如感染性疾病肺炎、肺结核的诊断，肺部肿瘤性疾病的确诊，以及肺部免疫性疾病，如结节病等疾病的确诊。通常对于感染性疾病，临床上难以确诊的情况，可以行支气管镜检查，通过肺内感染部位的活检、灌洗以及毛刷等确定病原菌。特别是肺结核，在支气管镜下，有奶酪样坏死的表现，临床通过支气管镜容易确诊。
气管镜检查需要八分钟到20分钟左右，气管镜检查是将比较细长的一根管子，从病人的嘴里或者鼻腔进入气管和支气管以及更远端，直接观察气管和支气管的病变，甚至可以根据病变进行相应的检查和现场治疗。
气管镜检查癌症准确，目前所有的癌症的确诊主要是通过病理细胞学检查来确诊的。如果有相应的症状，例如咳嗽，咳痰等肺部症状，可以做肺部CT。肺部CT可能高度倾向于肺部癌症，但是确诊还是依赖于病理细胞学。
气管镜检查的时间大概需要十分钟到二十分钟左右，部分医院可能需要半个小时左右。这是检测呼吸道感染疾病较为常用的一种方法，可以有效掌握气管部位是否出现炎症感染，或者是结核、肿瘤等异常病变，然后进行有针对性的治疗。另外在治疗期间还要定期去医院进行复查工作，要根据病情的发展变化及时更换治疗方案和用药，这样也能促进病情更快恢复。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。