沙眼衣原体尿道炎能根治。
沙眼衣原体尿道炎属于是非淋性的尿路感染，大多数是可以治好的，要积极配合医生进行治疗。确诊后，患者需要遵医嘱采用广谱抗生素治疗，并且要规则、定量、彻底治疗，要连续不间断用药，才能够达到根治的效果。患者还要做好日常护理，保持局部清洁卫生。
沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼衣原体是男性尿道的常见致病菌，潜伏期1～3周，临床表现为尿道粘液性或粘液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状，急性发作时尿道口发红的，可以提取分泌物进行化验，选择敏感的抗生素，在药物治疗的同时，要保持个人的清洁卫生，大量饮水，在药物治疗的同时，最近的饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性食物。
沙眼衣原体的临床表现主要有两种：一是局部给药，二是系统给药。
可以选择的还有司帕沙星、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、四环素等。需要根据病情、药物敏感试验来选用药物。病人和他们的性伙伴应该在他们的治疗结束以前避免性行为，以免交叉感染。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。
