根据患者甲状腺多发性囊肿的体积、大小，根据囊肿的具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法。具体如下：
一、甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
甲状腺囊肿一般不严重，但囊肿极有可能产生一定的压迫症状。
甲状腺囊肿是甲状腺最常见的良性疾病之一，一般无临床症状，无需特殊处理，应保持舒适，避免紧张焦虑，定期观察。如甲状腺功能减退，需口服激素药，定期复查甲状腺功能，调整用药剂量。甲状腺囊肿直径超过3cm、短时间快速增大引起疼痛、压迫气管神经引起呼吸困难、不排除声音嘶哑和甲状腺癌的情况下，应考虑手术处理，手术在全麻下进行。根据术中快速病理结果确定最终手术方式，良性病变需考虑局部切除，甲状腺癌需考虑甲状腺癌根治术和区域淋巴结清扫。
3-4mm的甲状腺囊肿一般不算严重。
甲状腺囊肿是囊腔中有细胞凋亡后残余的细胞液，没有任何征兆，囊腔发育迟缓。当囊腔直径超过1.5cm时，会有刺痛，压迫周围的组织，需要进行合理的治疗，如药物治疗、手术治疗、物理治疗等。
另外，如果检查时发现囊肿钙化，有可能是囊肿恶变，建议尽快手术，以免疾病进一步发展或引起其他并发症。
甲状腺囊肿与甲状腺结节孰重孰轻，就是不做某种评判。
如果经常在早晨起床后感到腰酸背痛的话，那一定要到医院做检查，看一下有没有钙元素不足或其他原因导致骨质疏松，这样才会对症下药，对症治疗。一般甲状腺结节中，有不少属于良性，因此，无论是良性结节还是囊肿，其实对人体并没有太大的影响，因此，病人不必再忧虑。当然，若病人结节恶性，则是甲状腺结节比较严重，并需马上手术。因为甲状腺肿瘤一旦确诊就必须马上施行外科手术治疗。
甲状腺囊肿钙化有点严重的。甲状腺囊肿一般是良性疾病。不过出现了钙化，就要根据钙化的表现进行下一步分析。囊肿并钙化良性的表现是钙化灶致密，边缘清晰。如果是微小的沙粒样的钙化，可能是甲状腺乳头状癌的表现。
