根据患者甲状腺多发性囊肿的体积、大小，根据囊肿的具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法。具体如下：
一、甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
有时在做B超的时候，会发现有一个囊肿，患者会很紧张，不知道会不会有危险，需要对囊肿进行进一步的观察，最好的方法是三个月复查。同时还要检查囊肿是否大，是否有压迫感。比如说，压迫到了甲状腺组织，压迫到了颈部的血管，患者会感觉到不适，如果囊肿生长的太快，就必须要做手术，如果囊肿向外生长，形成一个包在脖子上，会很影响美观。有些特殊的职业，可能会选择外科。同时还要检查囊肿边缘有没有毛刺，里面有没有钙化。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
有甲状腺囊肿可以使用药物治疗、手术治疗等，具体分析如下：
1.药物治疗：进行穿刺引流后医生可能会根据患者的甲状腺功能情况，给予患者一些药物（如甲状腺素），以帮助患者恢复，防止囊肿复发。
2.手术治疗：如果患者病情严重，且有脖子肿大、憋气、吞咽困难、声音沙哑等症状的时候，可以采取甲状腺穿刺引出囊液，缓解症状。对于穿刺引流无效、反复发作或疑似癌变者，医生可能会建议手术切除。
甲状腺囊肿出血是由于甲状腺出现炎症所形成，一般形成甲状腺肿大的原因都是起源于甲亢。症状表现为怕冷，多食，头晕等，生活中不要吃含碘高的食物。应该先吃消炎药物止血，如果效果不好，一定要及时的手术治疗。
如果两侧囊肿小，不用过分担心，定期去医院复查甲状腺彩超和甲状腺功能就可以了，有时还可以进行甲状腺核素扫描。一般3至6个月左右进行审查。
但是，在复查过程中，如果囊肿有明显的病变(如囊内出血或甲状腺功能有明显异常)，则应通过相关检查、囊肿切除、术后病理检查明确其性质。治疗过程中不能吃辣椒、辣条、麻辣火锅等过于辛辣的食物。最好不要喝含酒精的饮料。不要吃海鲜食品，如海带、贝类、水产品等。可以适当摄取水果、绿色蔬菜等富含维生素和纤维素的食物。适当摄入鱼、虾、瘦牛、羊肉等优质蛋白质，可以抑制囊肿的生长。