二甲双胍的主要不良反应包括可引起急性发热，有胃肠道反应。少见恶心、腹痛、腹泻等消化道症状，如在餐时或餐后服用会减少。治疗时出现不耐受的最初迹象时不必停药，会自行消失。在过量时，可能蓄积会出现乳酸性酸中毒。长期使用本品可降低人体对维生素B12的吸收。
二甲双胍可减少肝糖产生，降低肠对糖吸收，并且可通过增加外周糖摄取和利用提高胰岛素敏感性。主要用于饮食控制和体育锻炼治疗无效的二型糖尿病人，特别是肥胖的二型糖尿病。与胰岛素合用，可以减少胰岛素的剂量，减少低血糖反应。还可以与磺脲类的降糖药物共同应用，起到协同作用。
二甲双胍属于双胍类的降糖药物，主要作用是通过抑制糖原异生和糖原分解，减少肝脏葡萄糖的输出，来降低血糖。同时还可以提高肌肉组织、脂肪组织对于葡萄糖的摄取和利用，这样也能降低血糖，同时还有降低体重，改善胰岛素敏感性，减轻胰岛素抵抗等多重的作用。
长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
盐酸二甲双胍肠溶片副作用是腹泻、恶心、呕吐、胃胀、乏力、消化不良、腹部、便异常、低血糖、肌痛、头昏、头晕、指甲异常、皮疹、出汗增加、味觉异常、胸部不适、寒战、流感症状、潮热、心悸、体重减轻。
