新生儿甲减的治疗原则是早期诊断、足量治疗。甲状腺激素治疗启动得越早越好，必须在产后4-6周内开始。治疗药物选择L-T4。L-T4起始剂量10-15ug/kg.d。治疗目标是使血清TT4水平尽快达到正常范围，并且维持在新生儿正常值的上1/3范围即129-206nmol/L。
可以口服甲状腺激素类的药物，根据孩子的体重以及甲状腺功能，在医生指导下选择合适的剂量专项治疗。新生儿患有甲状腺功能减退症很有可能是先天性的，也有可能是终生性的。是很难治疗的。
通常来说，先天性甲状腺功能减退症，是由于新生儿甲状腺先天性缺陷或者母体孕期饮食中缺碘所致。
先天性甲状腺减退的新生儿，临床主要表现为孩子的体质和智力都有障碍。主要是进行甲状腺功能的检查。
建议家长及时带新生儿前往医院进行检查，明确病因后对症处理。注意不要盲目用药，应遵医嘱用药。以免影响身体健康，不利于身体恢复。
甲状腺功能低下患者需要通过药物治疗，同时还需要服用一定数量的甲状腺激素。
在饮食上，摄入适量的碘，避免食用易引起甲状腺肿大的食品，以确保蛋白质供应，并改善和矫正甲状腺机能。
甲状腺功能减退症患者要多休息，避免过度紧张、劳累，饮食要高蛋白、高热量食物，同时要进行抗贫血的治疗，补充铁剂、叶酸、维生素B12等。
中医认为，阳虚是导致甲减的原因，因为阳虚则生内寒，不能温暖脾土，采用中医可以很好的改善甲状腺的功能，达到治愈。甲状腺功能减退症状可见怕冷、少言乏力，表情淡漠、唇厚舌大，皮肤干燥发凉，眉毛稀疏。
先天性甲状腺功能减退症，是小孩逐渐表现出明显临床症状的先天性疾病，可能是甲状腺自身疾病引起的，也可能是其余部位病变引起甲状腺功能减退症的继发改变。
典型的临床症状主要是儿童看起来难看，例如头大、脖子短、皮肤粗糙、脸色泛黄、脸红肿、眼距宽、鼻梁低而平等等。儿童一般表现为精神较差，不活动，对周围事物不太感兴趣，怕冷，呼吸心率通常比较快，生长发育相对落后。这类疾病需要早期发现、早期治疗，才能使儿童恢复正常。