种牙一般在局麻的情况下进行，局麻也就是在局部的部位注射麻醉药。注射的过程会稍微有疼痛，因为要用进口的针在黏膜上扎一针，因此会有稍许疼痛。手术的过程中，由于局麻药已经起作用，因此一般不会有疼痛。完成手术以后，当天以及第二天一般会有一些疼痛。
种牙会有一点疼。种牙分为复杂种植和简单种植。简单种植与普通门诊外科拔除牙齿的创伤类似，在隔离有效的麻醉条件下是不会感觉到疼痛的。但有些复杂种植，例如患者骨量不足需要从身体其他部位进行取骨，可能要对病人进行全身麻醉，通常病人是不会感觉疼痛，但有些病人对疼痛特别敏感。
种植牙手术需要打麻药，之后会降低疼痛的感觉，所以种植的时候不会疼痛。但人工植入后手术区会出现肿胀，两三天后会消失。无须害怕种植牙期间是否疼痛，可以接受拔牙的疼痛同样能够接受种植的疼痛。
一般种植牙齿都会给打麻药的，种植过程中是不会感到疼痛的，所以这点不用太担心。种植牙齿需要3到8个月才能进行第二阶段的工作也就是固定好假牙。上下颌种植牙齿的时间也是有些许误差的。
种牙手术不会带来疼痛。单颗种植的手术时间在半小时左右，术后无任何疼痛。复杂单颗种植股，如需要骨增量，上颌窦提升。手术时间会延长，术后感染肿胀风险会增加，术后需要抗炎治疗。手术的时间长，手术创面大，术后可能引起疼痛及肿胀。