极少的情况下会出现种植体与骨之间的愈合不好，而导致种植牙松动、脱落。如果种植区发生感染，可能会波及其他部位如上颌窦。当在下颌后区种植时，有可能发生神经损伤。种植术后有可能会发生不同程度的疼痛、水肿或青紫。
种植牙会引起出血，操作不当可能引起牙龈发炎、神经病变等。种牙需要将种植体植入牙槽骨，属于有创治疗，可能会发生出血的症状，一般过几天之后伤口能止血，但如果出血不止，就应该立刻去医院进行就诊。有时会损伤下颌神经，下唇和下颌可能会出现短暂的感觉异常，一般需要在几周或几个月之后才能恢复正常，不能恢复的需要到医院复诊。建议到正规医院进行种植牙治疗，24小时内不要刷牙，也不要饮用清水，因为频繁漱口就会导致伤口再一次的渗血，但吃完饭后可以适当漱口，能够有效预防食物残渣的残留。
可能会造成牙龈出血或者是嘴唇麻木的情况。如果牙医在粘骨膜剥离时损伤大或粘膜下剥离广泛，尤其是术后压迫不良，是会发生粘膜下或皮下出血的。下嘴唇麻木。因为牙槽骨的下面就是神经，如果是把种植体到在后面，就会把那个神经破坏，所以为了保护神经，就把它种在神经的前面。但牙医在术中剥离时损伤颏神经，或种植体植入时直接创伤了下牙槽神经，那么患者就会出现下嘴唇麻木的情况。建议：选择正规有资质的医院进行手术，术后如有不适及时到医院复诊，术后注意口腔卫生，多吃水果和蔬菜。
种植牙后吸烟不利于吸烟者口腔卫生，也会影响种植牙的寿命。种植牙效果虽好，但是术后的牙齿维护也很重要，对真牙来说，经常抽烟会让牙齿变黄发黑，诱发牙周炎、牙龈炎等口腔疾病，对种植牙而言，抽烟的危害更大，会直接影响种植牙的寿命。种植牙虽说能完美的代替真牙，有“人类的第三幅牙”之美誉，但毕竟有别于真牙，需要人们格外的悉心护理才能延长它的寿命。其实在做种植牙之前，医生一定会要求患者戒烟，吸烟会影响口腔卫生，烟渍牙就是十分常见的现象之一，香烟中的尼古丁等有毒物质也会对牙周组织产生负面影响。建议种植牙后最好不要抽烟，平时也要注意保护好自己的牙齿，不要吃生冷辛辣的食物，一定要多吃软一些的食物不要吃过硬的食物，一定要养成刷牙的好习惯，每天至少刷牙两次。
种植牙的危害主要是指种植牙的一些缺点。种植牙主要结构是种植体，埋在牙槽骨内最主要是对牙槽骨的损伤，如果种植的牙齿越多，对牙槽骨的损伤就越严重，可能会引发出现牙槽骨骨折的现象。