对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑炎主要表现为：高烧、头疼、身体疼痛、恶心、呕吐，甚至会有晕眩、抽搐等。对脑炎的治疗应采取对症下药，如果病人有高热，可以通过物理降温和退烧来进行缓解，如果病人有晕厥症状，可以服用一些止吐的药物，如果病人处于昏迷状态，要保持呼吸道畅通，以免窒息。
除对症治疗之外，还需要根据病因进行治疗，比如细菌性感染，可以用抗生素进行药物治疗，病毒性感染引起的脑炎要进行抗病毒治疗，结核性的脑炎要用抗结核药物。除了用药之外，还要多吃一些易消化的食物，避免出现恶心的情况。
脑炎可以配合吃一些药物进行治疗，也可以采用中药的方法，中药比较温和，但是在治疗的同时，也要在生活中养成良好的习惯，注意保暖，尤其是自己的生活一定要注意休息，不要熬夜，保持充足的睡眠，吃一些营养物质比较高的食物有利于身体的恢复。
脑炎用激素、抗炎药、抗生素、蛋白治疗可在短时间内恢复。您所指的脑炎的恢复可能是脑炎后受影响的神经无法恢复。恢复脑炎和恢复神经功能是两回事。炎症的恢复并不意味着神经可以恢复。
脑炎癫痫要采用营养脑神经的药物，也可以采用口服治疗癫痫的药物，观察有没有出现脑组织的压迫症状，就是有压迫症状，可以采用手术的办法来解决压迫，也就可以起到缓解癫痫发作的效果。