脑干是中脑，脑桥和延髓的总称。是人脑内最重要的功能区，既是大脑向脊髓做传导的重要通路。同时内部也有许多重要的功能核团，担负重要的功能。脑干的损伤，由于传导通路受损，所以往往会造成昏迷，是脑干损伤最重要的类型。通过营养神经康复。高压氧等综合治疗，可以得到一定的恢复。基本会留下并发症，不可能恢复到完全正常。
脑干是受人体其他脑组织保护的，所以很少会出现原发性损伤。脑干受损的病人，多数是由于外伤撞击所导致的，死亡率极高，一旦出现脑干受损病人，应立刻接受治疗。所有脑干损伤的病人都应立即做全身性检查，并且要时刻关注病人的各种体征变化，还要预防和有效的处理合并症出现。对于脑干损伤的病人，最佳治疗时间就是越早越好。
通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
原发性脑于损伤在颅脑损伤中占有较大的比重，通常指暴力作用于枕部引起脑干为主的损伤，并于伤后立即发生持续时间较长的意识丧失或死亡。暴力作用于头部造成的原发性脑干损伤约占颅脑损伤的2%~5%，在重型颅脑损伤中占10%--20%。脑干内除了颅神经核。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。
脑干损伤会导致交叉性瘫痪，这是因为人体的大脑对身体的控制是相对的，也就是对面的身体要将信号传递到对面的大脑，或者对面的大脑将信息传递到对面的身体。这个讯号的传递，必须要在脑干内完成，才能进行不同的讯息传输。这种生理结构决定了当颅内损伤到脑干时，会导致信号传导障碍，从而导致交叉瘫痪，也就是病灶对侧的外周性脑神经麻痹和对侧的中枢性偏瘫。