宝宝灌肠的坏处是可能导致宝宝肠道损伤，甚至腹泻。长期的应用灌肠可引起结肠炎经常灌肠使本来就很脆弱的肠道正常菌群造到破坏，而且不正规的灌肠也可能对肠倒造成机械损伤，甚至肠穿孔。一定要好好照顾宝宝，不要让其做剧烈的运动，健康饮食，早睡早起，有良好的作息习惯。
坏处是有可能杀死肠道内本身就存在的有益菌群，造成体内的菌群失调导致继发性的感染而出现腹泻。好处包括可以避免了孩子口服药物困难，避免了药物对孩子胃部的刺激，防止有些药物经过胃部时被胃酸所破坏和分解等。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
一般灌肠治疗是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治疗目的。如果孩子不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧和治疗作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为小孩的肠壁比较薄。
灌肠是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治愈的目的。如果不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为肠壁比较薄，出现以上的状况可能比较大，而且用激素抗生素，药物等剂量不好掌握，容易增加过敏和药物耐受，严重时会导致结肠炎或者肠道菌群发生改变，肠道感染。
咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。口服的咖啡会刺激胃壁，其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能会使痔疮恶化。
