肾积水的排出首先要找出积水的病因，治疗方法也是根据病因来的。看梗阻的性质，如先天性肾盂输尿管狭窄，应狭窄段切除并做肾盂输尿管吻合。如果是肾输尿管结石可行体外冲击波碎石，经皮肾镜，一般是要在全麻下俯卧位做。位置好的一般手术时间一个小时左右。
如果肾积水合并严重感染，导致感染性休克，需及时抢救，感染性休克病死率高达50%。肾积水严重程度不同，对患者的寿命影响也不同，中重度肾积水，可能导致肾脏感染、肾脏积脓、肾功能减退，病情发展可导致肾功能不全，引发尿毒症等严重疾病，威胁患者生命单纯肾积水，对患者的寿命影响不大。
治疗预计需要7千-1万元左右。因个体差异不同其治疗具体就会存在不同，其收费也会存在差异。临床上治疗肾结石要根据结石的部位、大小、数量、单侧双侧等情况，采取不同的治疗方式，所以所需费用不能一概而论。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
轻度的肾积水不需要特别治疗，通常来说会被身体自我吸收的。但是如果是中度或者是重度的肾积水，要引起重视，找出原因，积极控制的，因为症状加重会影响到肾功能情况的。