新生儿脑炎有后遗症。儿童脑炎总体病死率约为10%左右，高达50%的患者会经历一个短期的意识或者活动障碍。20%儿童脑炎会遗留严重的后遗症。目前对于脑炎的远期预后特点了解相对较少，神经及认知后遗症可能被低估了。
一般来说，脑炎的后遗症症状主要有：发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥等，甚至还会影响到大脑、丘脑下部等。
有些患者会出现兴奋多语、烦躁、哭笑无常、行为异常、失眠、记忆力减退、大小便失禁等症状。除此之外，智力下降，大脑迟钝，眼睛发麻，吞咽困难也会偶热如出现。严重的患者会出现癫痫性头痛、抽风、四肢抽搐等症状。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
脑炎后遗症的症状轻重不一，主要表现为神经精神方面的异常，神经异常的表现多有，发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥。重者则大脑丘脑下部底节脑干小脑和脊髓的症状都可能有异常表现。
脑炎患者通常情况下，只要痊愈，病人就没有后遗症，脑炎患者常常会在身体抵抗力较差、细菌、病毒、真菌等，寄生虫等易感染中枢神经系统引起病人脑炎。
通常情况下，脑炎患者都会依据感染病原体不同而表现出相应症状，对大多数脑炎患者来说，都会表现出发烧、头疼、恶心、呕吐等症状，癫痫和其他病症。这类病人一旦发生脑炎就需及时抗感染治疗，由于脑炎病人，如不及时治疗，病人常发生某些神经系统后遗症，有的还可致死。
