脑炎的后遗症可谓是非常多的，因为脑炎是脑组织广泛性损害，所以如果不积极治疗或者治疗不及时，不妥当的话，可能会遗留很多后遗症，比如癫痫发作，智能减退，语言发育迟缓，运动发育迟缓，脑瘫，也可以出现偏身运动障碍，偏身感觉障碍，失语。构音障碍，尿便失禁，严重时会危及生命。
脑炎后遗症，主要有，神经系统损害，会出现、语言反应迟钝、肢体瘫痪、吞咽异常困难、视神经萎缩导致失明、癫痫等症状。认知功能异常：会有认知功能障碍，有痴呆、记忆力衰退，理解能力不强、智力降低等症状。
单纯疱疹病毒性脑炎容易遗留后遗症，化脓性脑膜炎致残致死率也比较高，结核性脑膜炎如果治疗不及时或者是抗结核治疗不正规，也容易遗留后遗症。结核性脑膜炎很凶险，而且病程往往持续很长。
一般来说，脑炎的后遗症症状主要有：发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥等，甚至还会影响到大脑、丘脑下部等。
有些患者会出现兴奋多语、烦躁、哭笑无常、行为异常、失眠、记忆力减退、大小便失禁等症状。除此之外，智力下降，大脑迟钝，眼睛发麻，吞咽困难也会偶热如出现。严重的患者会出现癫痫性头痛、抽风、四肢抽搐等症状。
脑炎后遗症的症状轻重不一，主要表现为神经精神方面的异常，神经异常的表现多有，发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥。重者则大脑丘脑下部底节脑干小脑和脊髓的症状都可能有异常表现。